とりあえず結論

水換えをしやすくする為には、石や人工石や人工流木等のレイアウト
を最小限に止めることです。又、砂利や土等も同様です。
産卵の可能性がある場合を除き、土や砂等は除外した方が、
水質悪化を遅らせることが可能ですし、汚れの付着も最小限にすることが
可能です。
レイアウト等も、自然に近い姿に見せようといろいろと入れてしまいがちですが、
管理の面から言えば、水中に入れるものは、広めの陸場、斜面（陸場に登れる場合は必要なし）、隠れ家と、濾過装置のみあれば、十分です。
大型の濾過装置の場合の複雑なレイアウトもある程度長持ちはしますが、
やはり掃除する時はやってきます。
人間にとっても複雑なレイアウトは不利ですし、亀にとっても、飼育者が忙しくて長期
水換えを怠った場合、結局は長期同じ水の中で生活することになりますし、
水質には関係無いことですが、複雑なレイアウトによって、流木に頭を挟んでそのまま
身動きとれなくなったり、水草の増殖により絡まったり、様々なことが考えられます。

ですので、飼育容器に入っている亀と、一つ陸場をどかして、ジャーと一気に汚水を
捨てれた方が、水換えは楽ですし、亀にとっても新鮮な水で生活できます。
大きな水槽でしたら、ドラム缶用のサイフォンや灯油用のサイフォン、飼育用のサイフォン等を利用するとスムーズに管理できます。